本學程學生選擇指導教授辦法如下：

本學程教師指導研究生學位論文及與研究生互動辦法(PDF檔案)

智科學程教師指導研究生學位論文及與研究生互動辦法-訂定-更新版 (17).pdf

1.第一階段-以有發展合作企業產學計畫之教師為優先：

就學程內執行合作企業的研發計畫、計畫主持人和適合學生背景與所需人數，指導教授收受研究生名額近期將公告於學程網頁最新消息，提供給學生於第一階段(4月底前)填寫，交給學程辦公室進行媒合。

2.第二階段-開放其他教師給學生填寫志願：

第二階段於開學後兩週內由學生填寫志願表交給學程辦公室進行媒合，學生在填志願前應主動聯繫老師確定符合相關條件。第二階段每位老師的學程學生可指導人數以一位為限(碩博士生合併計算，但不含第一階段收的學生)。